Í Xenoblade Chronicles 3 halda spilarar á vit ævintýranna sem hetjurnar Noah og Mio. Stríð herjar á þjóðirnar Keves og Agnus og sex persónur frá þessum tveimur þjóðum koma saman til þess að uppgvötva sannleikann á bakvið bardagana. Ferðinni er heitið til Swormarch, landi skipt í tvennt af risa stóru sverði.

Á ferðalögum þínum í gegnum Aionios getur þú raðað persónum í lið eftir aðstæðum. Í bardaga getur hvert lið sameinast í sterkt form þekkt sem Ouroboros.