Rise of the Ronin gerist í Japan árið 1863. Eftir þrjár aldir af valdatíð Tokugawa hershöfðingjana mæta svörtu skip vesturlandana á landamæri þjóðarinnar og landið sekkur í óreiðu. Á meðan stríð, sjúkdómar og pólitísk ólga geisar um Japan, mótar nafnlaus stríðsmaður sín eigin veg, haldandi örlögum Japans í sínum höndum.